Coleções botânicas são acervos de plantas que formam conjuntos ordenados de acordo com algum sistema de classificação. Da mesma forma como as coleções de moedas ou chaveiros podem ser agrupados por cores, formas ou tamanho, as coleções de plantas também podem ser ordenadas de diferentes formas. É muito comum encontrar nos jardins botânicos e hortos florestais o agrupamento por famílias botânicas: as árvores da família da goiaba, pitanga e araçá, por exemplo, são da família Mirtácea; o feijão, o angelim-pedra e o ingá pertencem à família das leguminosas.
No Jardim Botânico de Manaus algumas coleções seguem esse ordenamento em famílias, como a Trilha das Aráceas, o Jardim das Helicônias e as Palmeiras da Amazônia. Outras coleções, como o Recanto das samambaias, agrupam diversas famílias com alguma afinidade comum, em um único local. No caso das Agroflorestas é a utilidade da planta que define seu local na coleção: as ervas e plantas medicinais em uma parte da trilha, as que produzem sementes oleaginosas em outro local e há também as que produzem madeira comercial.
Já a Trilha na Floresta é uma coleção que percorre um dos ambientes amazônicos mais ricos em espécies, a floresta de platô na terra-firme. É uma coleção em que nenhuma das plantas foi transplantada para compor o ambiente de exposição, todas as árvores germinaram e cresceram naturalmente no local, muitas delas a mais de 500 anos atrás.
Por outro lado, para se conhecer a identidade de uma árvore, é preciso coletar ramos da planta com flores e frutos. Esses ramos são prensados e secados e recebem um número de referência, e passam a fazer parte de um outro tipo de coleção, um Herbário. O Herbário tem um banco de dados que relaciona as informações, sobre o local exato da planta na natureza, pessoa que coletou os ramos floridos, que data essa coleta foi feita… enfim todos os dados que forem julgados necessários. As amostras de plantas coletadas para identificação das árvores do Jardim Botânico de Manaus estão depositadas no Herbário do Inpa, Departamento de Botânica.