A agrofloresta é um sistema de cultivo que busca imitar a estrutura complexa e diversificada das florestas. Nesse sistema, espécies florestais, comestíveis, madeireiras e medicinais crescem juntas, de modo que enquanto uma fertiliza o solo, outra faz sombra ou atrai pássaros que ajudam a combater pragas.

A Trilha das Agroflorestas apresenta apenas plantas amazônicas usadas nesse tipo de cultivo. Há exemplares de cupuaçu (Theobroma grandiflorum), pau-rosa (Aniba rosaeodora), cedro (Cedrela fissilis), mogno (Swietenia macrophylla) e copaíba (Copaifera sp.), entre muitas outras.