Criado em janeiro de 2009 com a proposta de ser um museu cujas obras de arte são os próprios fenômenos da natureza, o Museu da Amazônia encontrou no Jardim Botânico de Manaus o espaço para suas primeiras atividades.

O visitante que percorre a Tenda do museu instalada no Jardim, encontra aquários com poraquês e jaraquis, peças arqueológicas e informações sobre um dos fenômenos mais conhecidos de Manaus, o encontro das águas dos rios Negro e Solimões.

Em breve o museu ganhará sede própria, localizada também na Reserva Ducke, há poucos quilômetros de distância da entrada do Jardim. As instituições continuarão a compartilhar atrativos do mesmo modo que compartilham o objetivo de levar conhecimento e lazer à população.