Homogeneity Partition Test
Como testar se dois marcadores independentes são congruentes, i.e. eles contam a mesma história evolutiva. E portanto, podem ser combinados numa análise.Para executar este teste no PAUP você precisa de um arquivo NEXUS com as partições (marcadores) especificados.
No arquivo do exemplo, a matriz de dados contém 3 marcadores: its, rpl20-rps12 e rps16. Os dois últimos são do chloroplasto. Assim, as seguintes partições foram definidas no arquivo. Os alinhamentos estão concatenados e as posições dos marcadores são indicadas pelo Bloco SETS do arquivo Nexus. Note que além dos marcadores individuais, há também uma definição que une os dois marcadores de cloroplasto.
BEGIN SETS; charset its = 1-639; charset rpl20 = 640-3335; charset rps16 = 3336-4521; charset cpdna = 640-4521; END;
Para testar se o its é congruente (conta a mesma história) que os marcadores de cloroplasto (que a priori podemos assumir são congruentes, porque é um genoma haploide que é herdado uniparentalmente e não sofre recombinação), então o bloco PAUP para o HPT é o seguinte:
BEGIN PAUP;
set increase;
[para salvar os resultados do teste]
log file=logodoHomoTest.log append;
[define as particoes que serao testadas]
charpartition P1 = its:its, cpdna:cpdna;
[exclui invariantes e autapomorficos, pois aumenta a probabilidade de falsos negativos em testes ILD]
exclude uninf ;
[faz um teste ILD com 1000 réplicas, 3 adicoes aleatórias por réplica, usa TBR e move para a próxima réplica que está demorando mais do que 10 minutos]
hompart partition=P1 nreps=1000 / start=stepwise addseq=random nreps=3 savereps=no randomize=addseq rstatus=no hold=1 swap=tbr multrees=yes timelimit=600;
include all;
log stop;
END;
O resultado obtido da análise do arquivo acima sugere que os marcadores são incongruentes (o número de passos nos dados combinados é sempre maior do que a soma do número de passos dos dados individuais).
P A U P *
Version 4.0a151 for Unix/Linux (built on Jan 2 2017 at 07:31:46)
Thu May 4 03:24:08 2017
-----------------------------NOTICE-----------------------------
This is an alpha-test version that is still changing rapidly.
It will expire on 1 Jul 2017.
Please report bugs to david.swofford@duke.edu
----------------------------------------------------------------
Character-exclusion status changed:
4207 characters excluded
Total number of characters now excluded = 4207
Number of included characters = 314
Partition-homogeneity test with heuristic search:
Character partition = P1
Starting seed = generated automatically
Number of replicates = 1000
Optimality criterion = parsimony
Character-status summary:
4207 characters are excluded
Of the remaining 314 included characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
All characters are parsimony-informative
Gaps are treated as "missing"
Starting tree(s) obtained via stepwise addition
Addition sequence: random
Number of replicates = 3
Starting seed = generated automatically
Number of trees held at each step = 1
Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) with reconnection limit = 8
Steepest descent option not in effect
Time limit of 600 seconds imposed for each partition-subset replicate
Initial 'Maxtrees' setting = 100
Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero
'MulTrees' option in effect
No topological constraints in effect
Trees are unrooted
Warning: Partition 'P1' is defined for characters that are currently excluded:
534 characters in subset its
3673 characters in subset cpdna
The limit of 100 trees (= 'Maxtrees') has been reached. Do you want to increase Maxtrees?
Do you want to increase 'Maxtrees'? (y/N)n
Elapsed AddSeq Taxa Rearr. -- Number of trees -- ----- Best trees ----
time Rep rep added tried saved to swap this rep overall
----------------------------------------------------------------------------------------
0:01:00 38b 1 - 97841 44 35 606 606
0:02:00 74a 1 - 587528 100 84 292 292
0:03:00 111a 1 - 547794 100 42 283 283
0:04:00 150b 1 - 661939 100 16 576 576
0:05:00 189a 1 - 29535 0 1 294 294
0:06:00 227b 1 - 79150 58 51 575 575
0:07:00 267a 1 - 65776 38 31 261 261
0:08:00 304b 1 - 511602 50 37 566 566
0:09:00 342a 1 - 815055 100 15 271 271
0:10:00 377a 1 - 274294 100 70 276 276
0:11:00 413a 1 - 615738 17 16 293 293
0:12:00 448b 2 - 561897 100 49 619 609
0:13:00 484a 1 - 901329 100 7 288 288
0:14:00 523b 1 - 245524 100 68 567 567
0:15:00 560b 1 - 145086 35 19 591 591
0:16:00 600a 1 - 493788 100 46 273 273
0:17:00 637b 1 - 147856 88 79 590 590
0:18:00 675b 1 - 308978 100 72 549 549
0:19:00 714a 1 - 937422 100 43 292 292
0:20:00 751a 1 - 360881 100 69 295 295
0:21:00 787a 1 - 223304 100 87 273 273
0:22:00 822a 1 - 849334 100 37 280 280
0:23:00 858b 1 - 750981 100 17 599 599
0:24:00 896b 1 - 196536 100 76 588 588
0:25:00 937b 1 - 733554 100 26 568 568
0:26:00 975a 1 - 512281 100 52 271 271
0:26:40 1000b 1 - 831986 0 - 592 592
1000 partition-homogeneity test replicates completed
Note: Effectiveness of search may have been diminished due to tree-buffer overflow.
Time used = 00:26:39 (CPU time = 00:26:37.4)
Results of partition-homogeneity test:
Sum of Number of
tree lengths replicates
-----------------------------
769* 1
846 1
848 5
849 3
850 3
852 9
853 10
854 10
855 21
856 21
857 32
858 43
859 46
860 51
861 72
862 71
863 76
864 70
865 67
866 82
867 87
868 54
869 47
870 48
871 15
872 16
873 12
874 6
875 6
876 6
877 3
878 1
879 1
880 3
881 1
* = sum of lengths for original partition
P value = 1 - (999/1000) = 0.001000
Character-exclusion status changed:
4207 characters re-included
Total number of characters now excluded = 0
Number of included characters = 4521