Homogeneity Partition Test
Como testar se dois marcadores independentes são congruentes, i.e. eles contam a mesma história evolutiva. E portanto, podem ser combinados numa análise.Para executar este teste no PAUP você precisa de um arquivo NEXUS com as partições (marcadores) especificados.
No arquivo do exemplo, a matriz de dados contém 3 marcadores: its, rpl20-rps12 e rps16. Os dois últimos são do chloroplasto. Assim, as seguintes partições foram definidas no arquivo. Os alinhamentos estão concatenados e as posições dos marcadores são indicadas pelo Bloco SETS do arquivo Nexus. Note que além dos marcadores individuais, há também uma definição que une os dois marcadores de cloroplasto.
BEGIN SETS; charset its = 1-639; charset rpl20 = 640-3335; charset rps16 = 3336-4521; charset cpdna = 640-4521; END;
Para testar se o its é congruente (conta a mesma história) que os marcadores de cloroplasto (que a priori podemos assumir são congruentes, porque é um genoma haploide que é herdado uniparentalmente e não sofre recombinação), então o bloco PAUP para o HPT é o seguinte:
BEGIN PAUP; set increase; [para salvar os resultados do teste] log file=logodoHomoTest.log append; [define as particoes que serao testadas] charpartition P1 = its:its, cpdna:cpdna; [exclui invariantes e autapomorficos, pois aumenta a probabilidade de falsos negativos em testes ILD] exclude uninf ; [faz um teste ILD com 1000 réplicas, 3 adicoes aleatórias por réplica, usa TBR e move para a próxima réplica que está demorando mais do que 10 minutos] hompart partition=P1 nreps=1000 / start=stepwise addseq=random nreps=3 savereps=no randomize=addseq rstatus=no hold=1 swap=tbr multrees=yes timelimit=600; include all; log stop; END;
O resultado obtido da análise do arquivo acima sugere que os marcadores são incongruentes (o número de passos nos dados combinados é sempre maior do que a soma do número de passos dos dados individuais).
P A U P * Version 4.0a151 for Unix/Linux (built on Jan 2 2017 at 07:31:46) Thu May 4 03:24:08 2017 -----------------------------NOTICE----------------------------- This is an alpha-test version that is still changing rapidly. It will expire on 1 Jul 2017. Please report bugs to david.swofford@duke.edu ---------------------------------------------------------------- Character-exclusion status changed: 4207 characters excluded Total number of characters now excluded = 4207 Number of included characters = 314 Partition-homogeneity test with heuristic search: Character partition = P1 Starting seed = generated automatically Number of replicates = 1000 Optimality criterion = parsimony Character-status summary: 4207 characters are excluded Of the remaining 314 included characters: All characters are of type 'unord' All characters have equal weight All characters are parsimony-informative Gaps are treated as "missing" Starting tree(s) obtained via stepwise addition Addition sequence: random Number of replicates = 3 Starting seed = generated automatically Number of trees held at each step = 1 Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) with reconnection limit = 8 Steepest descent option not in effect Time limit of 600 seconds imposed for each partition-subset replicate Initial 'Maxtrees' setting = 100 Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero 'MulTrees' option in effect No topological constraints in effect Trees are unrooted Warning: Partition 'P1' is defined for characters that are currently excluded: 534 characters in subset its 3673 characters in subset cpdna The limit of 100 trees (= 'Maxtrees') has been reached. Do you want to increase Maxtrees? Do you want to increase 'Maxtrees'? (y/N)n Elapsed AddSeq Taxa Rearr. -- Number of trees -- ----- Best trees ---- time Rep rep added tried saved to swap this rep overall ---------------------------------------------------------------------------------------- 0:01:00 38b 1 - 97841 44 35 606 606 0:02:00 74a 1 - 587528 100 84 292 292 0:03:00 111a 1 - 547794 100 42 283 283 0:04:00 150b 1 - 661939 100 16 576 576 0:05:00 189a 1 - 29535 0 1 294 294 0:06:00 227b 1 - 79150 58 51 575 575 0:07:00 267a 1 - 65776 38 31 261 261 0:08:00 304b 1 - 511602 50 37 566 566 0:09:00 342a 1 - 815055 100 15 271 271 0:10:00 377a 1 - 274294 100 70 276 276 0:11:00 413a 1 - 615738 17 16 293 293 0:12:00 448b 2 - 561897 100 49 619 609 0:13:00 484a 1 - 901329 100 7 288 288 0:14:00 523b 1 - 245524 100 68 567 567 0:15:00 560b 1 - 145086 35 19 591 591 0:16:00 600a 1 - 493788 100 46 273 273 0:17:00 637b 1 - 147856 88 79 590 590 0:18:00 675b 1 - 308978 100 72 549 549 0:19:00 714a 1 - 937422 100 43 292 292 0:20:00 751a 1 - 360881 100 69 295 295 0:21:00 787a 1 - 223304 100 87 273 273 0:22:00 822a 1 - 849334 100 37 280 280 0:23:00 858b 1 - 750981 100 17 599 599 0:24:00 896b 1 - 196536 100 76 588 588 0:25:00 937b 1 - 733554 100 26 568 568 0:26:00 975a 1 - 512281 100 52 271 271 0:26:40 1000b 1 - 831986 0 - 592 592 1000 partition-homogeneity test replicates completed Note: Effectiveness of search may have been diminished due to tree-buffer overflow. Time used = 00:26:39 (CPU time = 00:26:37.4) Results of partition-homogeneity test: Sum of Number of tree lengths replicates ----------------------------- 769* 1 846 1 848 5 849 3 850 3 852 9 853 10 854 10 855 21 856 21 857 32 858 43 859 46 860 51 861 72 862 71 863 76 864 70 865 67 866 82 867 87 868 54 869 47 870 48 871 15 872 16 873 12 874 6 875 6 876 6 877 3 878 1 879 1 880 3 881 1 * = sum of lengths for original partition P value = 1 - (999/1000) = 0.001000 Character-exclusion status changed: 4207 characters re-included Total number of characters now excluded = 0 Number of included characters = 4521