Inferência por parcimônia

• Paup website
• Paup software download
• Paup tutorial versão gui
• Paup Manual - Command References

Precisa preparar um arquivo em formato nexus para os seus dados. Exemplos de arquivos nexus você encontra nesses dois links:

• http://paup.sc.fsu.edu/nfiles.html
• http://simison.com/brian/NEX_commands.html - contém exemplos de comandos para diversas análises.

Um arquivo nexus é um arquivo de texto que pode conter especificações de dados, árvores, definições de partições, comandos, formatos gráficos, etc. Ele é usado por alguns softwares. Isso é feito através de blocos. O primeiro e importante bloco define o alinhamento e é chamado de DATA, que tem o seguinte formato:

#nexus 
[sempre começa com nexus um arquivo ]
[comentários podem ser adicionados entre colchetes]

[EXEMPLO DE BLOCO DATA]
begin data;
	dimensions ntax=4 nchar=138;
	format datatype=dna gap=-;
	matrix
ac1OUTG1    ATGCCACAGCTAGACATCGTACACATCCTCACTATTTACATGTGAACCTGAGTAACCCTTACCTTAATTACACTAAAAATTAAAAATCTCACATTAACTGCCAAACCAAAAAAACAGCCCCAACTAACCTCCAAACAA
ac1OUTG2    ATGCCACAGCTAGACATCGTACACATCCTCACTATTTACATGTGAACCTGAGTAACCCTTACCTTAATTACACTAAAAATTAAAAATCTCACATTAACTGCCAAACCAAAAAAACAGCCCCAACTAACCTCCAAACAA
apc1OUTG1   ATGCCACAACTAGACATTGTACATATCCTCACTATTTACCTGTGAACCTGAACAACCCTCGCCCTAATCACATTAAAAATTAAAAATTTCACACTGGCCGTCAAACCAAAAAAACAACCTCAGCTAACCCCCCAACAA
apc1OUTG2  ATGCCACAACTAGACATTGTACATATCCTCACTATTTACCTGTGAACCTGAACAACCCTCGCCCTAATCACATTAAAAATTAAAAATTTCACACTGGCCGTCAAACCAAAAAAACAACCTCAGCTAACCCCCCAACAA	;
end;

Além do bloco com os dados alinhados, você precisa especificar as análises que quer fazer. Isso é feito no bloco PAUP. Se estiver submentendo a análise no CIPRES precisa incluir este bloco no arquivo (e especificar no CIPRES ao enviar a análise (task), caso contrário não conseguirá fazer a análise.

• http://simison.com/brian/NEX_commands.html - contém exemplos de comandos para o bloco PAUP para diversas análises.
• Exemplo para uma análise de parcimônia:

[EXEMPLO DE BLOCO PAUP - BLOCO COM ESPECIFICACOES DA ANALISE DESEJADA]
BEGIN PAUP;
	exclude constant; [EXCLUI CHARACTERES NÃO INFORMATIVOS POR SEREM CONSTANTES, NÃO PERDE TEMPO COM ISSO]
	set autoclose=yes warnreset=no increase=no maxtrees=100000; [veja no Manual do Paup para entender o que isso significa]
	hsearch addseq=random nreps=1000; [Faz uma análise heurística, sequencias adicionadas de forma aleatória, com 1000 repeticoes independentes]
	savetrees file=myrun.trees brlens=yes  append=yes; [salva as árvore mais parcimoniosas num arquivo myrun.trees]

	gettrees file=myrun.trees; [pega essas arvores]

	outgroup  ac1OUTG1;	[define quem é o grupo externo]

	contree all/  root=outgroup outroot=monophyl replace treefile=myrun.strict; [gera um CONSENSO STRICTO ENTRE AS ARVORES IGUALMENTE PARCIOMONIOSAS, ENRAIZANDO PELO GRUPO EXTERNO E SALVA O CONSENSO NUM ÚNICO ARQUIVO]

	gettrees file=myrun.strict; [pega ESSA ARVORE]

	savetrees /fmt=altnex brlens=yes file=myrunMPbrlens.tree;  [SALVA ELA COM O COMPRIMENTO DOS RAMOS]
END;

• snakes.nex - exemplo de arquivo com os códigos acima.