Alinhamento usando MEGA

Selecione a opção Edit/Build Alignment

Create a new alignment

DNA

Abra o seu arquivo FASTA - no menu Data → Open → Retrieve Sequences from File

Irá mostrar a matriz como está no arquivo original

Faça alinhamento usando uma das opções no menu Alignment - irá perguntar se deve selecionar todas as sequências porque você não selecionou nada (poderia alinhar apenas duas se quiser)

Veja os parâmetros que você pode mudar para fazer um alinhamento usando Align by ClustalW, principalmente o Gap Opening Penalty (penalidade por abrir um indel) e o Gap Extension Penalty (penalidade para aumentar um indel de tamanho), que ele usa para lidar com indels

Se executar com parâmetros padrão (default), vai gerar para os dados do exercício o seguinte alinhamento (note que a imagem mostra uma região onde o alinhamento parece que não ficou muito bom). Mude os parâmetros de Gap Opening Penalty e o Gap Extension Penalty e veja o que acontece com o alinhamento de um arquivo com indels como o do tutorial.