[[cursos:bot99:aulas:praticas:pratica4paupml]]

ML no Paup

Preparar um arquivo nexus como feito na prática Parcimonia no PAUP, mas utilizar o seguinte Paup Block, incluindo nele o modelo selecionado para os seus dados pelo JModelTeste.

BEGIN PAUP;

exclude constant;
set criterion=likelihood;

[DEFINICAO DO MODELO EVOLUTIVO]
[!Likelihood settings from best-fit model (TPM2uf+I+G) selected by AICc with jModeltest 2.1.10 v20160303 on Wed May 03 06:57:07 PDT 2017]
Lset base=(0.3030 0.2143 0.1969 ) nst=6  rmat=(0.7632 4.7474 0.7632 1.0000 4.7474) rates=gamma shape=0.1670 ncat=4 pinvar=0.6030;

set autoclose=yes warnreset=no increase=no maxtrees=100000;
hsearch addseq=random nreps=1000;
savetrees brlens=yes file=myML.trees append=yes;
gettrees file=myML.trees;
outgroup  ac1OUTG1;	
contree all/ le50 root=outgroup outroot=monophyl replace treefile=myML.tree;
gettrees file=myML.tree;
savetrees /fmt=altnex brlens=yes file=myMLconsenso.t;  

END;
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  • Última modificação: 03/21/2017 11:21
  • por labotam_admin