• Arquivo em formato Phylip, do tutorial, como exportado via MAFFT (ver exemplo aqui)
• PhyML - entre nesta página, onde você poderá definir sua análise de Máxima Verossimilhança. No exemplo, estamos usando como referência o modelo mais provável para os dados, selecionado no exercício de seleção de modelo.
• Suba o arquivo. O formato está exatamente como o padrão do PhyML pede:

• Especifique o modelo de substituição molecular. Note que apenas selecionamos no exemplo o modelo GTR, que foi o indicado pelo JModeltest para esses dados. O resto selecionamos para o programa estimar (precisa mudar isso).

• Especifique a forma de "navegação pelo espaço de árvores prováveis", incluindo a starting tree (a árvore para começar o processo).

• Especifique o método para calcular para cada ramo da sua filogenia sua probabilidade (apoio estatístico à relação inferida). Coloque seu email e envie a análise. Você irá receber vários emails até que sua análise estiver pronta, ou der erro.

• Você irá receber por email um arquivo zippado contedo os seguintes arquivos de texto:
  • readseq_phy_phyml_lk.txt
  • readseq_phy_phyml_rand_trees.txt
  • readseq_phy_phyml_stats.txt
  • readseq_phy_phyml_tree.txt
  • readseq_phy_stdout.txt
• No arquivo readseq_phy_stdout.txt você tem o log da análise, os passos executados e erros, quando houver e análise não completar.
• A árvore filogenética está no arquivo readseq_phy_phyml_tree.txt, que esta em formato NEWWick:

(Hydnophytu:0.06366564,Puffia_ger:0.03889857,(((Urophyllum:0.01481048,Raritebe_p:0.01118940)0.959000:0.01330176,((Fockea_ape:0.01625460,Nerium_ole:0.01763270)1.000000:0.05851164,(((Hekistocar:0.03555464,(Heinsia_cr:0.03279071,(Peponidium:0.02264675,(Guihaiotha:0.00878158,(Amaioua_gu:0.01505574,Euclinia_l:0.01723159)0.937000:0.00747626)0.882000:0.00555227)1.000000:0.03049430)0.700000:0.00179930)0.745000:0.00189797,(Ferdinandu:0.00248733,(Macrocnemu:0.00918323,Tresanther:0.00792932)0.717000:0.00131163)0.939000:0.00602792)0.985000:0.01837935,(Syringanth:0.01892306,(Breonadia_:0.00418670,(Cephalanth:0.00132815,(Myrmeconau:0.00000005,Ludekia_be:0.01953131)0.995000:0.01231153)0.739000:0.00123036)0.987000:0.02026871)0.961000:0.01504933)0.924000:0.01235499)0.997000:0.03093391)0.990000:0.02622656,(Mitracarpu:0.05168599,Conostomiu:0.04894233)1.000000:0.04414405)0.973000:0.02287136);

• Note que nos terminais há apenas um valor depois do : (e.g. Hydnophytu:0.06366564), que o comprimento do último ramo que une o terminal ao seu ancestral comum com outro terminal mais próximo.
• Os nós da filogenia por outro lado, ou seja os clados, tem dois valores depois do : (e.g.(Urophyllum:0.01481048,Raritebe_p:0.01118940)0.959000:0.01330176, o primeiro, 0.959 é a probabilidade do clado ser monofilético (neste caso é > que 0.95, ou 95%, portanto, este clado tem suporte); o segundo, 0.013330176, é o comprimento do ramo (i.e. a taxa de mudança ocorrida no ramo).

• Veja como gerar um PDF no R com o resultado do PhyML - como a figura abaixo