BOT-89 e BOT-90 - OFICINA DE PROJETOS 2019
Em 2019 haverá maior integração entre as disciplinas de Preparação de dados para análises Estáticas - Introdução ao uso de linguagem R (BOT-89) e Delineamento Experimental e Amostral (BOT-90), a quais serão ministradas juntas na forma de uma "Oficina de Projetos", abordando os conceitos e práticas trabalhados individualmente por essas duas disciplinas nos últimos anos, mas através de um processo aplicado diretamente aos projetos de pesquisa dos alunos inscritos.
Durante a oficina os alunos irão trabalhar na (melhor) estruturação dos seus projetos de pesquisa, revendo a literatura, (re) pensando as perguntas, e (re) desenhando a coleta de dados. Também irão aprender a usar o R para analisar seus dados (ou dados similares ao se sua pesquisa), gerando resultados preeliminares (ou esperados), gerando figuras e estruturando scripts para seus projetos.
Recomenda-se àqueles que já tem dados coletados, preparar eles para uso na disciplina, e àqueles que ainda não tem dados, buscar dados semelhantes ao que planeja coletar de algum outro projeto ou repositório na internet. Trazer suas idéias de projeto ou suas perguntas, hipóteses e predições se já formuladas, ainda que preeliminarmente.
Informações gerais
- Data: em dois blocos 10-21 de junho e 08-19 de julho de 2019. O intervalo de 2 semanas se deve à outra disciplina da grade do PPGBOT.
- Local: Sala de aula da pós-graduação em Botânica
- Horário: começando as 8:00 da manhã.
- Professores:
- Juliana Hipólito de Sousa (jhdsousa@yahoo.com)
- Alberto Vicentini (vicentini.beto@gmail.com)
- Flávio Magalhães Costa (flaviomagalha@gmail.com) - Monitor
- PRECISA TRAZER:
- Notebook (todos alunos precisam de computador), adaptador para tomada (T e similares)
- Extensões elétricas são sempre úteis (quem puder)
PDF do site para uso offline
Ementas das disciplinas
Ementa BOT-89
Esta disciplina visa (a) passar uma noção geral sobre dados e metadados e como criar e manter um banco de dados de forma simples e organizada e que facilite seu uso posterior; e (b) introduzir o uso da linguagem de programação R para preparação e limpeza de dados, análises estatísticas, produção de gráficos e de documentos dinâmicos. Objetiva apresentar ao discente a importância da reproducibilidade na pesquisa científica e como obter isso através da utilização da linguagem R++. Este não é um curso de estatística embora use e aborde conceitos estatísticos.
Ementa BOT-90
Conceitos do que é ciência e o que é cultura, filosofia, hipótese nula e estatística; parâmetros de populações de dados, índices de variabilidade, comparação de duas amostras; testes de permutações; análise de variância, regressão, análises multifatoriais; análise multivariada, planejameto de coleta de dados.
Programação 2019
Serão quatro semanas em dois blocos.
Bloco 1
Semana 1
10-14 de Junho de 2019 - Introdução à Linguagem do R - tutorial supervisionado
- Dia 10
- PRÁTICA: Preparação dos computadores e softwares e PASSO 01 do Tutorial de introdução ao R.
- LEITURAS DO DIA:
- (Munaf et al., 2017) - "A manifesto for reproducible science"
- Registered Reports - periódicos que oferecem pré-registro de artigos
- Dia 11
- DISCUSSÃO: Discussão do artigo (Munaf et al., 2017) - 8 às 9:00
- Dia 12
- DÚVIDAS: 8-9 horas da manhã, revisão de conceitos.
- Dia 13
- DÚVIDAS: 8-9 horas da manhã, revisão de conceitos.
- Dia 14
- GREVE GERAL - não haverá aula
- Dias 15-16
Semana 2
17 à 21 de Junho de 2019 - Oficina de Perguntas
Formulação e discussão das perguntas dos projetos de pesquisa dos alunos inscritos. Durante esta semana os alunos deverão preparar umcEnsaio correspondendo basicamente à introdução do seu projeto/artigo, perguntas, hipóteses e predições e necessidade amostral.
- Dia 17
- AULA: Dúvidas sobre os exercícios, R e Documentos dinâmicos usando o R (Rmarkdown)(Tutorial)
- PRATICA 1:
- Trabalho individual sobre as questões específicas do seu projeto (Slide Conceitual 01 slide - com as perguntas e de onde vem com as hipóteses): ideias de projeto (5-10 máximo - apresentação e discussão)
- PRATICA 2:
- Leitura (Grupos):
- (Leite et al., 2010) - Epistemologia e história da Ciência em Ecologia: o passo inicial na formação do ecólogo
- (Gotelli, 2011) - Princípios de Estatística (Cap 4)
- (Volpato, 2013) - Ciência: da filosofia à publicação - (Parte 1 e Capítulo 2).
- Dia 18
- AULA: Conceitos de ciência, cultura, filosofia, método científico, hipóteses; e Discussão
- PRATICA: Apresentação do slide construído no dia 17
- Dia 19
- AULA: Delineamento
- LEITURA DO DIA:
- (Hulbert, 1984) - "PSEUDOREPLICATION AND THE DESIGN OF ECOLOGICAL FIELD EXPERIMENTS"
- PRATICA: Trabalho individual na construção de um Ensaio usando Rmarkdown com a estruturação da base teórica e das perguntas e hipóteses dos projetos de pesquisa dos alunos
- Dia 20
- PRATICA: Trabalho individual na construção de um Ensaio usando Rmarkdown com a estruturação da base teórica e das perguntas e hipóteses dos projetos de pesquisa dos alunos
- Dia 21
- APRESENTAÇÃO: do modelo conceitual do projeto lapidado e discussão.
Intervalo 22 de junho à 07 de julho
- PRÁTICA: terminar o Ensaio no R markdown com referencias, figuras hipoteticas à ser entregue no dia 08/07/2019.
Bloco 2
Semana 1
08 à 12 de Julho de 2019 - Preparação de dados e Delineamento Amostral
Alunos deverão obter ou inventar dados (usando o R) similares aos que serão coletados para responder às perguntas de seus projetos e realizar uma análises exploratórias desses dados no R.
- Dia 08
- Entrega do Ensaio produzido no Bloco 1
- DÚVIDAS: Tempo para dúvidas
- (Zur et. al., 2010) Leitura para discussão no dia 09
- Dia 09
- DISCUSSÃO: (Zur et. al., 2010)
- PRÁTICA & APRESENTAÇÂO: Apresentação de quem tem, organização ou fabricação de dados de quem não tem.
- Dia 10-12
- PRÁTICA: Análise exploratória dos dados organizados/coletados pelos alunos. Preparação de Ensaio AED - construir seu script seguindo (Zur et. al., 2010)
- Leitura descontraída sobre estatística: https://medium.com/hipótese-nula/explicando-estat%C3%ADstica-para-a-sua-tia-a-importância-de-aprender-um-pouquinho-de-estat%C3%ADstica-para-a-ae5e3ee92466
- Dia 13-14
- PRÁTICA EM CASA: Finalização AED. Rascunho do Modelo lógico das análises necessárias para o projeto de pesquisa.
Semana 2
15 à 19 de Julho de 2019 - Análise dos dados
Nessa última semana os alunos irão organizar as análises específicas dos seus projetos com os dados preparados anteriormente, gerando resultados preliminares e predições das hipóteses dos projetos, finalizando o Ensaio.
- Dia 15
- AULA: Principais análises estatísticas selecao_de_modelos_e_hierarquicas.pdf
- PRATICA: Finalização do Modelo Analítico dos projetos
- Dia 16-18
- PRATICA: Análise e preparação dos resultados no R (finalização do Ensaio)
- Dia 19
- APRESENTAÇÃO: Das análises e resultados realizados na semana.
Da avaliação
Avaliação será baseada em:
- Exercícios feitos no NotaR e indicados no Tutorial de Introdução ao R. Prazo: Ao término do BLOCO 1.
- Para entrar no NotaR use seu endereço de email como login e a senha informada em sala de aula. Os exercícios são abertos, mas a nota é computada apenas quando o usuário estiver autenticado.
- Ensaio - seu Projeto ou seu Artigo gerado em Rmarkdown durante a oficina. Prazo: máximo em 31 de Julho de 2019.
- Apresentações e participação
Referências Citadas
Referências Outras
(Tukey, 1980)
(Venables & Ripley, 2002)
(Fox, 2002)
(Crawley, 2007)
(Verzani, 2005)