Boostrapping no PAUP

Ao arquivo nexus com seu alinhamento usado no tutorial de análise de parcimônia você pode adicionar os seguintes blocos Paup para fazer uma análise de boostrap e obter o suporte estatístico para os seus clados.

• outros exemplos aqui

BEGIN PAUP;
	exclude constant; 
	set autoclose=yes warnreset=no increase=no maxtrees=100000; 
        bootstrap nreps=200 treefile=myboot.trees search=heuristic/ addseq=random;
	gettrees file=myboot.trees;
	outgroup  ac1OUTG1;	
	contree all/strict=no  majrule=yes root=outgroup outroot=monophyl replace treefile=mymjrconsensus.tree;
	gettrees file=mymjrconsensus.tree; 
	savetrees /fmt=altnex brlens=yes file=mymjrconsensusBRlens.tree;  
END;

Salva 1 árvore com os nós anotados.

begin paup;
    log start replace=yes file=FILENAME_log.txt;
    set criterion=like autoclose=yes storebrlens=yes increase=auto root=outgroup;
    outgroup MyOutgroup;
    Lset Base=(0.2892 0.2928 0.1309) Nst=6 Rmat=(3.7285 46.5293 1.3888 2.3793 16.4374)
    Rates=gamma Shape=0.9350 Pinvar=0.5691;
    bootstrap nreps=1000 search=heuristic/ addseq=random swap=tbr hold=1;
    savetrees from=1 to=1 file=MyMLboot_tree.tre format=altnex brlens=yes savebootp=NodeLabels MaxDecimals=0;
    log stop;
END;