Máxima Verosimilhança

1. Seleção de modelo - PASSO 01
2. Análise de ML usando PhyML - PASSO 02
3. Análise de ML usando Paup - outra opção para passo 02, apenas se quiser experimentar outro software.

Pode usar um software no seu computador para fazer isso ou fazer isso no link abaixo.

• file_format.pdf - Explicação do formato de arquivos para dados moleculares
• http://genome.nci.nih.gov/tools/reformat.html - Link para conversão entre formatos de arquivos para análises filogenéticas. Os formatos mais importantes que você deve conhecer são: FASTA, NEXUS, Philip. Converta o seu arquivo FASTA para esses outros dois formatos e veja a diferença entre eles.
• its.nex - Exemplo de um arquivo NEXUS

• Aliview - software multiplataforma para alinhamentos e conversão de formatos de arquivos para análises filogenéticas.
• http://beast.bio.ed.ac.uk/downloads - BEAST
• http://tree.bio.ed.ac.uk/ - FigTree

• WikiPedia sobre nucleotídeo