Prática 02 - Inferência de Homologia Primária

Neste exercício você irá preparar um Matriz de dados Moleculares para análises filogenéticas, incluindo a inferência da homologia primária, ou seja, fazer o alinhamento das sequências.

Inferência da Homologia Primária de dados moleculares (ingroup+outgroup). Os dados para alinhamento você encontra neste arquivo, que inclui representantes de 20 gêneros de Rubiaceae e 2 Apocynaceae como grupo externo, conforme Tutorial de GeneBank.

Alinhe suas sequencias usando os dois sistemas abaixo. Veja o tutorial do MEGA e compare os diferentes resultados (se seu conjunto de dados não tiver indels suficientes, faça esse exercício usando os dados do tutorial).

• Aliview - software multiplataforma para alinhamentos e conversão de formatos de arquivos para análises filogenéticas

• http://www.megasoftware.net/ - instale este software no seu computador para alinhar e visualizar alinhamentos
• Alinhando usando o MEGA

• http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/ - submeta seu arquivo FASTA para alinhar neste servidor (bom para conjuntos de dados muito grandes)

• http://genome.nci.nih.gov/tools/reformat.html - Link para conversão entre formatos de arquivos para análises filogenéticas. Os formatos mais importantes que você deve conhecer são: FASTA, NEXUS,Philip. Converta o seu arquivo fasta para esses outros dois formatos e veja a diferença entre eles.
• http://www.phylo.org/sub_sections/portal/ - CIPRES Análises filogenéticas Online - vários programas e métodos