Baixar dados moleculares de GeneBank para um grupo de sua escolha, ou alternativamente, você pode usar seus próprios dados. Também baixar os dados de 1 ou dois outgroups.

• Veja como fazer isso aqui

• GenBank, NCBI, Bethesda, MD, USA - dados moleculares
• DNA Data Bank of Japan, Mishima, Japan - dados moleculares
• EMBL-EBI, European Nucleotide Archive, Cambridge, UK - dados moleculares
• PhylomedDB- catálogo de filogenias de espécies
• TreeBase - TreeBASE is a repository of phylogenetic information, specifically user-submitted phylogenetic trees and the data used to generate them
• Boas práticas para compartilhar dados moleculares - talvez alguns de vocês tenham interesse nisso.

• Tutorial do Exemplo - Filtrando os que você baixou no R, para poder fazer o alinhamento e posteriormente as análises filogenéticas.

1. Os seguintes arquivos foram gerados no passo anterior:
   • rps16_rubiaceae_205-06-22_ncbi.fasta
   • rps16_rubiaceae_205-06-22_ncbiumporgenero.fasta
   • rps16_rubiaceae_205-06-22_ncbi_so20.fasta
2. Com a busca rps16[Gene Name] AND Gentianales[Organism] NOT Rubiaceae[Organism] foi possível encontrar sequencias de outras plantas da mesma ordem que não Rubiaceae, para o mesmo marcador, e duas Apocynaceae foram incluídas no arquivo FASTA compilado no passo anterior manualmente.
   • outgroup.fasta