Introdução ao R (BOT-89)

Aqui você encontra informações, programa e material da disciplina Preparação de dados para Análises Estatísticas - Introdução ao R (BOT-89), do Programa de Pós-Graduação em Botânica do INPA.

Esta disciplina visa (a) passar uma noção geral sobre dados e metadados e como criar e manter um banco de dados de forma simples e organizada e que facilite seu uso posterior; e (b) introduzir o uso da linguagem de programação R que é extremamente poderosa para manipulação de dados, análises estatísticas, produção de gráficos e de documentos dinâmicos, e cujo domínio oferece um grande ganho de produtividade a todo cientista e facilita o entendimento de métodos analíticos. Este não é um curso de estatística.

• Data: 06 a 17 de abril de 2020
• Local: Virtual com tutorial online e conversas através do Google Classroom. Inscritos receberão o código por email.
• Horário: No seu tempo, mas se quiser tirar proveito do momento reserve várias horas por dia durante o período de assistência dos professores. Atividades serão agendadas com data de entrega para manter um ritmo adequado ao conteúdo.
• Professores:
  • Alberto Vicentini (alberto.vicentini@posgrad.inpa.gov.br)
  • Ricardo Perdiz (ricoperdiz@gmail.com)

Avaliação será baseada em:

1. Notas nos exercícios feitos no NotaR e indicados noTutorial de Introdução ao R.
   1. Para validar a nota precisa estar logado no sistema. Login, senha e prazos serão informados na sala virtual;
2. Entrega de uma análise exploratória de dados, seus ou dados que serão disponibilizados para a disciplina;

O curso está estruturado em duas partes:

1. PARTE 01 - Tutorial de Introdução ao R - um passo a passo para conhecer a sintaxe básica da linguagem de programação e o potencial de usar o R como ferramenta científica.
2. PARTE 02 Análise exploratória de dados. Tutorial de AED para orientar a AED a ser realizada com dados de interesse do aluno.

(Venables & Ripley, 2002) (Fox, 2002) (Crawley, 2007) (Verzani, 2005)

A melhor forma de buscar ajuda para fazer coisas no R é utilizando o Google, digitando junto com sua busca as palavar R cran, com isso você encontra muitas opções de ajuda na internet, seja na própria documentação do R, seja em blogs, posts, etc, que muitas vezes tem exatamente a solução programática que você está procurando.

• Os três manuais listados abaixo estão disponíveis no site do R em Contributed Documentation, onde você encontra inclusive documentação em português.
  • Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.
  • Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.
  • Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

• Este curso é se baseia na Disciplina BIE5782 de Introdução ao R oferecida pelo Programa de Pós-graduação em Ecologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, e utiliza vários dos scripts e material produzidos pelos professores da USP.
• Taskviews: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN¹⁾. Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial, Morphometrics, Phylogenetics. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
• CRANTASTIC!: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do CRAN. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as taskviews, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
• The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
• Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico.
• Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
• The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.
• R Graph Gallery: para conhecer gráficos que podem ser gerados com o R (e obter o código se gostar de algum).
• Introduction to R