Manual da Base de Dados

A estrutura da base de dados e a interface de acesso funcionam, mas os códigos não estão otimizados (foram escritos por Vicentini entre 2009 e 2012 de forma amadora), o que torna alguns processos lentos e bugs são frequentes. Também, é um idéia em construção e, portanto, é importante que os usuários se manifestem do que gostaram, do que não gostaram e do gostariam que a interface fizesse. É fácil incluir novas funções de visualização, acesso e extração de dados, criando interfaces para projetos específicos que, no entanto, usam uma estrutura única para a organização dos dados (a base de dados em si), permitindo organizar uma infinidade de informações sobre plantas, sejam estas amostras de herbário ou plantas vivas em campo.

O princípio por traz das bases de dados é a noção de que espécie são hipóteses, que mudam conforme a evidência. Tendo em vista o estado de conhecimento da flora Amazônica (ver Hopkins 2007. J.Biogeography e referências citadas), é fácil aceitar que o entendimento das espécies de plantas, e consequentemente suas delimitações (ou circunscrições), não são necessariamente confiáveis. Isso é particularmente importante em estudos de parcelas, onde plantas são identificadas em campo ou a partir de coletas estéreis (ver Gomes et al. 2013, mas é válido também no âmbito da taxonomia.

Se espécies podem ser hipóteses frágeis é melhor que os dados sobre plantas sejam organizados ligados a indivíduos (amostras em herbários ou plantas vivas em algum lugar). Assim, se a identificação de uma planta muda a variação a ela relacionada, seja morfológica, genética, ecológica, imagens, etc., muda para a nova espécie. A Figura conceitual abaixo mostra de uma lado os fatos (i.e. os Indivíduos e os dados a ele relacionados) e de outro a Taxonomia, a ciência de delimitar/circunscrever (agrupar indivíduos com base em attributos) espécies e dar nome a elas; os nomes geralmente tem material testemunho (um Tipo nomenclatural), mas este é apenas o indivíduo que leva o nome com ele. É importante, portanto, não organizar informação sobre plantas relacionando elas à um nome científico.
Isso permite:

1. construir ferramentas de identificação que busca por indivíduos similares a uma amostra desconhecida (análogo aos mecanismos de busca de GenBank); ou seja, evita buscar por dados associados a um nome científico de uma espécie; ou seja, busca por dados que são dinâmicos e não estáticos;
2. rever frequentemente a delimitação de espécies a partir do conjunto de indivíduos que a definem, dependendo obviamento do conjunto de dados organizados; ou seja, aceitar que espécies são hipóteses e incorporar isso na atividade taxonômica, pois uma base desse tipo torna o trabalho do taxonomista mais fácil, mais objetivo e mais explícito (ver McDade 1995 Syst. Botany e referências citadas sobre isso).

Este é o ponto central da estrutura dessa base de dados com relação à informação taxonômica, mas como plantas em parcelas constituem a grande massa de dados sobre plantas da Amazônia, sua incorporação à atividade de delimitar e circunscrever espécies é fundamental, o que é possível usando a base aqui proposta.